Dopo la conquista di Rodi da parte dell'Impero Ottomano nel 1522, i Cavalieri Ospitalieri (o Cavalieri di Rodi) furono costretti a lasciare l'isola. In seguito alla sconfitta, i cavalieri si ritirarono e si stabilirono temporalmente in diverse località. Nel 1530, Papa Clemente VII concesse ai Cavalieri l'isola di Malta, dove fondarono una nuova sede e iniziarono a ricostruire la loro organizzazione e la loro influenza.
Da Malta, i Cavalieri Ospitalieri continuarono la loro missione di difesa del cristianesimo e svolsero attività di assistenza sanitaria e militare. Sotto la loro guida, Malta divenne un importante centro di potere e resistenza contro l'Impero Ottomano, culminando nella famosa Grande Assedio di Malta nel 1565, quando i Cavalieri sconfissero un'imponente flotta ottomana.
L'Ordine dei Cavalieri di Malta continuò a esistere e a operare, diventando un attore importante nella storia del Mediterraneo fino al suo scioglimento nel 1798, quando Napoleone invase l'isola. Dopo la caduta di Malta, l'Ordine perse il suo ruolo politico e militare, ma continuò a esistere in forma più simbolica e religiosa, mantenendo la sua cattedra a Roma e continuando le sue opere di carità e assistenza.
Oggi, l'Ordine sovrano militare di Malta esiste ancora come ente religioso e di volontariato, impegnandosi in attività umanitarie in tutto il mondo.